摘要：
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本文目录一览：
- 1、基因ID之间的自由切换
- 2、怎样用NCBI在一个特定全测序基因组里面查找一个特定的基因?比如在杨树...
- 3、ncbi怎样找某种蛋白的基因?
- 4、如何在ncbi的genebank下载人来基因组序列?
- 5、如何命名和书写基因
基因ID之间的自由切换
我们使用R包 org.Hs.eg.db 进行不同ID之间的转换，将ID转换成最常用的Gene Symbol后，再用R包 HGNChelper 来进行Gene Symbol的映射，防止不同的Gene Symbol之间的丢失。
NCBI的database中选HomolgGene然后点左侧的FTP site，选current版本，即可download homologene.data文件，里面是人和其他物种的同源基因，其中物种用代号表示，9606为human，10090为mouse，10116为rat。
文本中 Gene Tagging 抽取出大量的 Gene Mention （e.g. GS1， groEL， OsSUT1， fructose-6-p hosphate 1-phosphotransferase），其中可能存在非水稻基因。
在NCBI网站上搜索Glyma大豆基因号，并找到相应的ENSEMBL id。例如，对于Glyma.15G135200基因，可以搜索“Glyma.15G135200”或“Glyma15G135200”，并找到相应的ENSEMBL id。在ENSEMBL网站上搜索Glyma大豆基因号对应的ENSEMBL id。
将Ensembl 中的蛋白ID转化成基因ID，可以通过clusterProfiler这个包。
常用的功能富集网站有agrigo、David等 这里以目前应用较为广泛的DAVID为例对基因集进行具体分析。DAVID是一个综合工具，不但提供基因富集分析，还提供基因间ID的转换、基因功能的分类等。
怎样用NCBI在一个特定全测序基因组里面查找一个特定的基因?比如在杨树...
1、首先进入http：// 之后再左边有个GENE，点击它，进入基因主页http：// 然后在Find genes by...找gene name (symbol)这一项，进入按照基因名称检索界面 好运。
2、如果知道要找的基因的名字是可以很快的找到要找的序列，在基因名称检索界面输入就好。
3、事实上，在NCBI有很多种办法可以确定某个基因的外显子或者内含子，当然还有UTR区域。今天我们来介绍NCBI的其中一个使用软件Splign来在NCBI上找到一个基因的外显子和内含子。
4、你好！登录PUBMED官网，然后点击genomeic这个选项，输入关键词进行查询就好。如果你的英语不够好，可以借助工具书或者有道词典来进行翻译。当然，你也可以直接询问你的师姐师兄或者导师。
ncbi怎样找某种蛋白的基因?
1、如果知道要找的基因的名字是可以很快的找到要找的序列，在基因名称检索界面输入就好。
2、访问NCBI主页（https：//）。 在搜索栏中输入你感兴趣的基因的名称或标识符。你可以使用官方的基因名称、基因符号、UniProt ID等进行搜索。 点击搜索按钮或按下回车键。
3、找到“NCBI Reference Sequences (RefSeq)”，它分为几个板块，第一个“mRNA and Protein ”区可以让我们找到连续的编码 mRNA 序列和蛋白序列。
4、在NCBI上查找基因的mRNA序列。Messenger RNA (mRNA）——信使核糖核酸信使核糖核酸 携带遗传信息，在蛋白质合成时充当模板的RNA。信使RNA 从脱氧核糖核酸（DNA）转录合成的带有遗传信息的一类单链核糖核酸（RNA）。
如何在ncbi的genebank下载人来基因组序列?
1、进入NCBI的GenBank页面。在搜索栏中输入你需要查找的基因名称或序列信息，例如基因名字、物种、序列长度、GenBankID等。点击“搜索”按钮，系统将搜索并列出与搜索条件匹配的结果列表。
2、打开NCBI 百度搜索键入“NCBI”，点击“搜索”，第一个就是官方主页，点击打开。关键字查找 以H9亚型流感病毒HA基因下载为例，说明详细过程。
3、首先，基因名输入到NCBI官网，将窗口调至gene选项，点击进入；其次找到该种属的基因，点击进入 然后点击genebank，就能看到该基因的详细信息以及在染色体上的信息。
4、GenBank同二楼说的，还有DDBJ、EMLB，是世界三大核酸数据库，三者各有优缺点，如果要完整菌种的序列，你可以将三者结合使用，希望帮到你。
5、在NCBI上，网址是 http：// 打开后找到你所要找的物种，第十列是genbank号，点开后搜索到你想要找的基因，下载它的序列就ok了。
如何命名和书写基因
1、(2)等位突变基因用基因名加连字号和数字表示，如 expA1-1 表示 EXPA1 的等位突变基因。 (3)野生型基因和突变基因的 蛋白产物名称 与其各自的基因名相同，只是书写要用正体，如EXPA或expA1-1。
2、因为基因的命名没有规律，一般小写指基因，大写指该基因的表达产物。缩写有时候是对功能的描述，不如AP-2，既可以是指adaptor protein 2， 也可以指activating protein 2。所以要根据上下文。
3、基因sey， myc， 蛋白 Sey， Myc 人类： 方法如脊椎动物但需大写。例如基因 MYC、ENO1，蛋白MYC、ENO1。对于基因产物的命名以前没有统一的规定，现在基本上都统一用正体，或全部大写，或第一个字母大写，如Gal或GAL。
4、然后你叫你的，我叫我的，一种基因会同时有许多种不同的称呼。这种自由放任的命名法在很早以前可能会被接受，因为那时只确认了25种基因。随着被发现基因的种类的骤增，统一命名的需求势在必行。
5、基因型的书写方法：显性基因一般用大写英文字母表示，隐性基因一般用小写英文字母表示。基因在生物体内是成对出现的（因为这一对基因，一个来自父方，一个来自母方），所以基因型用一对英文 字母表示。
6、(2)当不同的基因编码具有类似功能的基因产物时， 基因位点的命名应紧跟在基因符号后加***数字， 字母和数字之间不能使用空格， 如ADHADHADH3(三个乙醇脱氢酶基因位点)。
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